C'est pendant l'année terrienne 1654 qu'un navire d'outre espace s'écrase dans les bois de Fontainebleau, avec à son bord un chargement de dangereux repris de justice venus des quatre coins de la galaxie. Le régent Mazarin, devenu conseiller de Louis XIV, s'empare immédiatement de l'affaire et s'arrange pour éviter les fuites. Passant un pacte avec le commandant du navire extraterrestre, il accepte de l'aider à retrouver des prisonniers qui ont pu profiter du crash pour s'échapper en échange d'informations et de technologies supérieures. Mazarin s'active et met sur pied une unité d'élite, sur le modèle des mousquetaires du roi et des mousquetaires du cardinal. La troisième compagnie sera celle des mousquetaires de l'ombre. Au printemps 1657, quand les personnages entrent en scène, leur unité d'élite vient de débuter sa mission, traquant les extraterrestres les plus incongrus tout en affrontant ou en éludant agents espagnols, anglais, autrichiens, sans compter de bien français traîtres à la Couronne qui n'ont de cesse de fomenter frondes et complots.
