La seconde édition de Spycraft se distingue de la première de deux façons : premièrement, en élargissant les possibilités du jeu au-delà de l'espionnage contemporain, c'est-à-dire en permettant au système d'exploiter des périodes allant du western à l'anticipation proche et en autorisant plusieurs niveaux de réalisme et de complexité paramétrables suivant les souhaits du maître ; ensuite, en intégrant au livre de base les différents sous-systèmes de règles qui ont été développées dans les différents suppléments de la gamme de la
première édition. De plus, cette deuxième édition est fournie sous licence OGL, contrairement à la
première édition d20.
Les changements de règles les plus notables sont :
- la généralisation des Qualités de Campagne qui permettent désormais le paramétrage initial du système de jeu afin de lui faire respecter le style de campagne souhaité par le MJ. Par exemple, le choix de telle ou telle Qualité rendra le système plus ou moins dangereux pour les personnages ou il permettra aux joueurs d'avoir plus ou moins d'équipement ou d'options lors de l'évolution de leur personnages.
- le choix de l'Origine a été entièrement repensé. Désormais, lors de la création de personnage, le joueur fait le choix d'un Talent et d'une Spécialité qui représentent, respectivement, sa nature innée et sa formation initiale. Chacun de ces deux éléments est à choisir dans une liste et chacun d'entre eux se concrétise par différents bonus, pouvoirs ou avantages techniques.
- le déroulement de la phase d'équipement a été également refondu de façon à durer moins longtemps. En pratique, les différents équipements sont aujourd'hui regroupés en kits suivant les missions et sont donc choisis collectivement au lieu de l'être un par un.
- le système de Conflits Dramatiques a aussi été intégré au livre de base. Ces règles, apparues dans The 1960's, permettent de gérer finement certaines phases de jeu comme les poursuites, les interrogatoires ou les tentatives de séduction. Leur utilisation permet de faire un contrepoint au combat au cours duquel chaque action est résolue par plusieurs jets de dés successifs puisque, lors d'un conflit dramatique, les joueurs sont également amenés à faire plusieurs jets de dés pour chaque action entreprise. L'objectif de ces diversifications est de permettre aux personnages non combattants d'être, d'un point de vue purement ludique, aussi attractifs que les autres.
- la manière dont les aventures et les PNJ sont créés a été remaniée. Cette partie du système permet aujourd'hui de créer des PNJ universels sous forme de gabarit et dont les caractéristiques s'ajusteront automatiquement à la puissance des personnages, qu'ils soient de niveau un ou de niveau vingt.
Chapitre premier - Character Creation
Hormis les modifications apportées à l'Origine, le processus de création de personnage reste inchangé. En revanche, le choix dans les classes de base et d'expert a été élargi puisqu'elles sont au nombre de 12 et 18, respectivement. La liste des classes de base disponibles est la suivante : Advocate, Explorer, Faceman, Hacker, Intruder, Pointman, Scientist, Scout, Sleuth, Snoop, Soldier, Wheelman.
Chapitre deux - Skills
Ce chapitre détaille l'utilisation des compétences. Le mécanisme de base est celui du système d20 auquel ont été apportées quelques modifications, déjà présentes dans la première édition. Cependant, la liste des compétences a été révisée pour mieux refléter l'utilisation qui en est faite : certaines ont disparu et d'autres ont été fusionnées. En outre, les règles font la distinction entre l'usage qui est fait d'une compétence et la compétence elle-même. Ainsi, certaines compétences à l'utilité universelle, comme Notice, n'ont qu'une seule utilisation possible, alors que d'autres, comme Athletics, peuvent être utilisées dans de nombreuses situations (escalade, natation, course à pied, etc.) ce qui réhausse leur intérêt pour les joueurs.
Chapitre trois - Feats
Les différents Dons sont présentés en arbres suivant treize catégories différentes et incluent ceux apparus dans les suppléments de la première édition.
Chapitre quatre - Gear
Cette partie détaille sur 110 pages tout l'équipement disponible, ainsi que les règles qui permettent son obtention et son utilisation dans le jeu. Chaque personnage dispose, en fonction de sa classe, d'un nombre de Sélections d'équipement qui peuvent être dépensées pour obtenir du matériel adapté à la mission. D'autre part, les Sélections peuvent être gardées en réserve pour obtenir de l'équipement en cours de mission et faire face aux impondérables. Les types d'équipement présentés sont divers : électronique, gadgets, sécurité, espionnage, véhicules et armement. De nombreuses règles et options proviennent du Modern Arms Guide.
Chapitre cinq - Combat
Les règles sur le combat contenues dans ce chapitre sont celles du système d20 exception faite de l'attaque d'opportunité qui a disparu. Plus d'une vingtaine d'actions de combat sont utilisables et comprennent par exemple le tir en rafale, le tir de couverture, la feinte, la retraite et même la provocation verbale destinée à obliger un adversaire à attaquer toutes affaires cessantes.
Chapitre six - Dramatic Conflict
Le système de Conflits Dramatiques présenté dans cette partie permet, avec un même mode de résolution, de simuler les phases de jeu suivantes : poursuite, lavage de cerveau, piratage informatique, infiltration d'organisation, interrogatoire, chasse à l'homme et tentative de séduction. Le principe est toujours le même : le Conflit est divisé en Rounds et la distance abstraite séparant le Prédateur de sa Proie est mesurée en Avance. Lors de chaque Round, Prédateur et Proie choisissent secrètement une Stratégie (les Stratégies sont des manoeuvres symbolisées par des cartes à photocopier et à découper disponibles en fin d'ouvrage). Les Stratégies choisies sont ensuite révélées simultanément et chaque camp fait un jet en opposition (éventuellement modifié suivant la Stratégie adoptée) sous la compétence correspondant au type de Conflit. Le gagnant choisit ensuite un avantage dans ceux listés sur sa carte de Stratégie et en applique le résultat. Si l'Avance tombe à zéro, le Prédateur gagne et si l'Avance dépasse 10, c'est la Proie qui l'en emporte.
Chapitre sept - Game Control
Le dernier chapitre regroupe toutes les informations destinées à aider le MJ à créer et à gérer des aventures. C'est également cette partie qui présente les différents genres dans lesquels Spycraft peut être utilisé grâce aux Qualités de campagne qui y sont décrites : espionnage, western, horreur, post-apocalyptique, pulp, anticipation, etc.
L'ouvrage est conclu par un index de six pages et par vingt pages de planches de cartes de Stratégies à photocopier et à découper.